電子取引データは、令和4年1月1日より電子保存が義務付けられていましたが、令和4年度改正で「宥恕措置」が創設され、引き続き、電子取引データを出力した書面保存が令和5年12月31日まで認められています。

同日をもって「宥恕措置」は廃止されますが、同日までの電子取引で受領したデータは令和6年1月1日以降も、その保存期間満了（原則７年）まで引き続き「宥恕措置」により書名保存が可能です。一方、同日以降に行う電子取引では、電子保存が必要となるため、電子取引によりデータを譲受した時期によって、書名保存と電子保存が混在することがあります。

令和6年1月1日以降の電子取引では原則、検索要件等の保存要件を充足する形で電子保存が必要となります。

一方、令和5年度改正では、保存要件に従い電子保存できなかったことにつき所轄税務署長がやむを得ない理由（社内システム整備が間に合わない等）があると認め、税務調査の際に、電子取引データのダウンロードの求めに応じ、出力書類の提示等にも応じることができるようにしている場合は、保存要件は全て不要で、単に電子保存すればよいとする「猶予措置」が設けられました。

「猶予措置」の他にも、税務調査で電子取引データのダウンロードに応じられるようにしておくことを前提に、保存要件のうち検索要件を不要とする措置の対象者について前々事業年度の売上が「1,000万円以下」から「5,000万円以下」の事業者に拡充されました。

さらに、税務調査で出力書面を取引年月日等ごとに整理した状態で提示等できるようにしている事業者は、売上高にかかわらず、検索要件は不要で電子保存が認められます。

ただし、これら改正後の新要件は、令和６年1月1日以降に行う電子取引に適用されるため、令和５年12月31日までに行った電子取引には適用されません。

例えば、事業者の毎事業年度の売上高を2,000万円と仮定した場合、令和4年、５年に行う電子取引は検索要件を不要とする措置の現行要件（前々事業年度の売上高1,000万円以下）を満たさないため、電子保存する際は検索要件の充足が必要となります。一方、令和６年以降に行う電子取引は新要件（前々事業年度の売上高5,000万円以下）を満たすため、検索要件を充足せずに電子保存が可能です。

電子取引の保存要件は、その電子取引が実施された時期に応じて適用されるため、改正電帳法の施行日前後の電子取引について、保存期間満了まで適用される保存要件等が異なることに留意しなければなりません。