非課税取引として認識していたものの、後日その取引が課税取引だったと判明した際には、売り手からインボイスを交付してもらうことが可能です。これはインボイス発行事業者は課税資産の譲渡等を受ける他の事業者から交付を求められたときに交付する義務が課されているためです。非課税取引が非課税取引であるという判定の誤りが判明した際には、売り手及び買い手は、それぞれ正しい課税売上げ・課税仕入れに認識しなおさなければなりません。

〇買い手　仕入税額控除を適用するためには売り手から適正なインボイスの交付を受ける必要があります。

〇売り手　誤認識によりインボイスを発行していなかった場合でも適正な課否判定の結果、課税取引になるのであれば買い手からの要求に応じて交付義務が生じることになります。

また、非課税取引と誤認していたものが課税取引となると買い手及び売り手の消費税額にも影響してきます。

〇買い手　仕入控除額を本来より過少に計算していたことになり、消費税額を課題に納めた可能性があるので、インボイスを交付してもらうとともに更正の請求をすることで消費税の還付を受けられることがあります。

〇売り手　課税売上を少なく計算し、消費税も過少に申告していた可能性があるので、修正申告を行い正しい消費税額を納める必要があります。

以上のように、買い手・売り手の双方で課税取引であると認識した場合には、たとえ申告済みの取引であっても、売り手は買い手の求めに応じてインボイスを交付する必要があり、インボイスを交付することで互いに正しい消費税額が納めることができます。