平成28年度改正では、28年1月1日以後支払いを受けるべき通勤手当の非課税限度額が15万円に引き上げられました。

このうち、政令施行前の1月1日から3月31日までに支払われるべき通勤手当で、改正後の規定ににより過納となる分については、年末調整により精算を行うこととなります。

一方、経理システム等の改正への対応が間に合わず、施行日である4月1日以降についても、改正前の非課税規定（旧規定）で支払ってしまう場合もあると思われます。

この点について、政令施行日（4月1日）以後に行う通勤手当における源泉徴収について、改正後の非課税規定（新規定）への対応が間に合わず過納となる分については、速やかに過納還付請求を行うことで、差額の還付を受けることができるようです。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　週刊税務通信より