災害に関して法人や事業を営む個人が支出する費用などの現行の主な税務上の取り扱いについて、主なもは以下のとおりとなっております

１．災害により滅失・損壊した資産
法人の有する商品、店舗、事務所等の資産が災害により被害を受けた場合に、その被災に伴い次のような損失又は費用が生じた時には、その損失又は費用の額は損金の額に算入されます。なお、事業を営む個人の有する事業用資産についても、同様となります。

①商品や原材料等の棚卸資産、店舗や事務所等の固定資産などの資産が災害により滅失又は損壊した場合の損失の額

②損壊した資産の取壊し又は除去のための費用の額

③土砂その他の障害物の撤去のための費用の額

２．復旧のために支出する費用
法人が災害により被害を受けた固定資産（以下「被災資産」といいます）について支出する次のような費用に係る資本的支出と修繕費の区分については、次のとおりとなります。

①被災資産についてその原状を回復するための費用は、修繕費となります。

②被災資産の被災前の効用を維持するため行う補強工事、排水又は土砂崩れの防止等のために支出する費用について、修繕費とする経理をしているときは、この処理が認められます。

③ 被災資産について支出する費用（①又は②に該当するものを除きます）の額のうち、資本的支出か修繕費か明らかでないものがある場合、その金額の30％相当 額を修繕費とし、残額を資本的支出とする経理をしているときは、その処理が認められます。なお、これらの取り扱いは、事業を営む個人においても同様なりま す。

以上はその一部を記載致しましたが、その他にもありますので、詳しくは国税庁のHPをご覧ください。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/saigai/saigai.htm